本校於民國49年至86年1月為石泉國小分校,校址設於澎湖縣馬公市東文里98號,佔地計0.6公頃。
86年2月1日至86年7月31日改為石泉國小文澳分校,劉金聲為分校主任,籌建校舍時期校址在澎湖縣馬公市西文里文學路221號(現址),佔地2.698公頃。
86年8月1日獨立設校,校名為「澎湖縣馬公市文澳國民小學」,曾長文校長獲派為首任校長。
徐安永校長於90年8月1日接掌本校第二任校長。
許佛乞校長於97年8月1日接掌本校第三任校長。
葉子超校長於105年8月1日接掌本校第四任校長。
莊文啟校長於106年3月14日接掌本校第五任校長。
方南芳校長於106年8月1日接掌本校第六任校長,為本校現任校長。